Laureato in lettere, entrò nella Compagnia di Gesù alla vigilia della soppressione (1773). Gesuita espulso dalla Spagna di Carlo III, fu direttore della nostra Biblioteca durante il periodo di sospensione del Gianorini.

Stabilitosi in Italia fu insegnante di filosofia a Ferrara e bibliotecario a Mantova e Parma. Bibliofilo, tra il 1785 e il 1791 visitò le biblioteche pubbliche di Milano, Venezia, Roma, Napoli, Torino, Pavia, raccogliendo notizie di grande interesse sulle raccolte italiane e impressioni di ogni genere in lettere inviate al fratello Carlos che le diede alle stampe nel 1786 (e in edizione ampliata nel 1790-93) a Madrid col titolo Cartas familiares. Dalle sue Cartas, nel 1940, un'altra direttrice, Agata Lo Vasco, ricavò un originale viaggio tra i libri e le carte nel suo Le biblioteche d'Italia nella seconda meta del secolo XVIII: dalle Cartas familiares dell'abate Juan Andrés (Milano, Garzanti, 1940; collocazione: Papia B 614).

Nel giugno 1791 Juan Andrés giunse a Pavia e della Biblioteca riferì che non era ricca di codici o edizioni antiche, ma adatta agli studi universitari.