Se è abbastanza semplice individuare i codici che acquistammo dall’Aldini, pur considerando che alcuni sfuggirono alla catalogazione fatta in occasione della vendita perché ceduti in un momento successivo, è invece estremamente complesso stabilire la provenienza degli altri manoscritti conservati a tutt’oggi nel fondo.

Alcuni, contrassegnati per la gran parte con un numero progressivo attribuibile alla stessa mano, provengono quasi sicuramente dalla abbazia di San Pietro in Ciel d’Oro e dalle altre congregazioni religiose soppresse in epoca giuseppina: furono quindi da noi incamerati in epoca anteriore alla vendita Aldini e confluirono inizialmente nel nostro patrimonio librario.
Altri invece furono donati da alcuni illustri pavesi dell’epoca o acquistati dalla Biblioteca nel corso del XIX secolo, come rilevò Luigi De Marchi, promotore nel 1894 della catalogazione del fondo.

Il fondo presenta un'estrema varietà sia nella datazione, sia nelle tematiche dei codici. Se per i manoscritti più antichi si deve risalire fino al secolo XI, periodo cui appartengono due volumi miscellanei contenenti scritti scelti di padri della Chiesa, per quelli più recenti si giunge alla seconda metà del XIX secolo.

Tra gli argomenti prevalgono gli scritti di carattere religioso: dai brani della Bibbia ai messali, ai breviari, ai libri di preghiera, alle opere di carattere ascetico e agiografico; in questo ambito appaiono degni di una particolare menzione:

• un manoscritto di 81 carte con la trascrizione dell’Enchiridion di Sant’Agostino risalente all’XI secolo (collocazione Aldini 52)
• Missale secundum consuetudinem Romanae Curiae a doppia colonna con iniziali miniate, del XIV secolo (collocazione Aldini 327).

Da segnalare anche i manoscritti musicali, alcuni dei quali di grande pregio:

• miscellanea musicale francese risalente al XV secolo (collocazione Aldini 362)
• Cantate di Alessandro Scarlatti (collocazione Aldini 423).

Non mancano gli scritti di diritto e quelli di filosofia, tra cui un’Ethica di Aristotele (collocazione Aldini 557), ricca di iniziali decorate, risalente al XV secolo, e alcuni altri suoi testi trascritti in una miscellanea armena databile tra XI e XIV secolo (collocazione Aldini 178-179).

Numerosi inoltre i manoscritti di carattere storico, come gli scritti di storia ecclesiastica di Ottavio Ballada come il manoscritto del XVIII secolo De antiquitate sanctae ticinensis ecclesiae (collocazione Aldini 177).

Importanti infine due erbari:

• l'Aldini 211 ricco di illustrazioni colorate del XIV secolo
• un piccolo atlante botanico con riproduzioni di fiori ed erbe ottenute con il metodo illustrato da Leonardo da Vinci nel Codice atlantico conservato alla Biblioteca Ambrosiana del XV secolo

Tra le opere non provenienti dalla originale collezione di Aldini ma di sicura attribuzione:

• l’edizione a stampa di Leçons de philosophie ou essai sur les facultés de l‘âme di Pierre Laromiguière, (Parigi, Brunot-Labbé, 1815; collocazione Aldini 443), ricca di aggiunte e correzioni autografe dell’autore, donata nel 1834 da Defendente Sacchi
• gli Statuta Mercadantiae mercatorum Papiae (collocazione Aldini 188), codice del XIII secolo di grande importanza per lo studio della storia pavese, è donato nel 1833 da Agostino Reale, professore ordinario di diritto generale austriaco allo studio pavese.